התורה והמקרא – מקורות המנהג של פדיון נפש נמצאים כבר בתורה ובמקרא. באחד מהפסוקים בספר שמות (פרק ל', פסוק י"ב) נאמר: "כי תשא את ראש בני ישראל לפקודיהם ונתנו איש כופר נפשו לה' בפקוד אותם ולא יהיה בהם נגף בפקוד אותם". הפסוק מדבר על נתינת כופר נפש כדי להימנע מגזירה רעה בעת מפקד בני ישראל. זהו אחד מהמקורות הראשונים המוזכרים בתורה לרעיון של פדיון נפש. הכופר הוא תשלום כספי המסמל את פדיון הנפש של האדם מהסכנה, ובכך מתאפשרת לו הגנה והצלה. פסוק זה מהווה יסוד למנהג הקיים גם כיום, כאשר מתבצע טקס פדיון נפש במטרה להסיר גזירות רעות או מחלות.

התלמוד והקבלה – בתלמוד, המנהג של פדיון נפש מתוארת בכמה מקומות. לדוגמה, במסכת ראש השנה (דף ט"ז, עמוד ב') מובאת סוגיה על פדיון נפש שבו מועברת גזירה רעה על ידי מתן צדקה או תפילה. התלמוד מדגיש את כוחם של צדקה ותפילות לשנות את הגורל ולהסיר גזירות רעות. הקבלה, שחוקרת את הסודות הרוחניים של התורה, מייחסת משמעות עמוקה ונסתרת לפדיון נפש ורואה בו כלי לתיקון ולשינוי המציאות הרוחנית והפיזית. על פי הקבלה, פדיון נפש הוא פעולה המסייעת לאדם להתחבר לכוחות רוחניים עליונים ולהביא לשינוי מהותי במצבו. המקובלים מסבירים כי פדיון נפש הוא תהליך רוחני עמוק שבו האדם מוותר על חלק מהונו או מבצע פעולה רוחנית מסוימת במטרה לקבל הגנה וברכה.